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健康一体机数据集市与数据仓库也有许多不同。数据集市是为特定部门的“主题域”而组织起来的部分数据和业务规则，不同部门关注的分析问题不同，自然就形成了不同的数据集市。构成数据集市的硬件、软件和应用程序可以归属于各个部门，由各部门自己管理和维护。
健康一体机数据仓库一般包含最细粒度的数据，而数据集市往往只包含部门关注的粒度级别的数据，数据集市的数据粒度层次不如数据仓库丰富，回答用户查询问题的能力也不如数据仓库强。数据仓库所包含的数据，无论从结构上还是从内容上都反映出整个企业对数据的需要，相比较而言，数据集市的数据量就比仓库要少得多。数据集市中灵活的数据组织为数据仓库提供了有益补充，扩展了数据仓库中数据的使用方式。
健康一体机数据仓库的出现明确区分了操作型数据和分析型数据两种数据类型，并在实现中将两者区分开来，逐渐建立起数据库～数据仓库(DB～DW)的数据分析框架。但在有些情况下，这样的两层结构并不能涵盖使用者全部的数据处理需求。用于业务操作的数据和用于分析的数据并非泾渭分明，一些简单的决策需求也许只需要查询少量当前的操作型数据就可以完成，如果此时再将这部分数据经过建模等层层复杂处理加载到数据仓库中进行查询，会涉及诸多不必要的操作，反倒不如直接查询操作型数据效率高。
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